Původní Klínova Bouda byla založena již roku 1676 na místě údajně původní chatrče vystavěné dělníky, kteří nosili rudu ze Svatého Petra do Dolního Dvora, aby se měli kde ukrýt před špatným počasím. Na jih orientovaná čtyřicetihektarová louka tak prý vznikla v 17. století jako hospodářské zázemí pro stříbrné doly ve Svatém Petru.
Na rozdíl od stejně vysoko položených lučních enkláv nebyly na Klínovkách jen letní boudy, ale horalé tu žili celoročně. Proto sem chodil už od roku 1814 privátní učitel z nedalekých Rennerových bud. Kvalifikaci učitele tehdy splňoval i vojenský vysloužilec. Učilo se v různých chalupách, navíc sem chodily i děti z Rennerovek i všech tří enkláv Pláně. V roce 1903 obec Volský Důl, pod kterou Klínové boudy tehdy patřily, postavila pro zdejších osmadvacet dětí vlastní jednotřídní školu.
Během rozmachu turistiky na konci 19. století se na každé horské luční enklávě alespoň jedna chalupa přeměnila v horský ubytovací hostinec. Na Klínových boudách vyčerpali zdejší turistický potenciál Hermann Buchberger s manželkou Wilhelminou. Na konci 19. století vlastnili dvě nejvýše položené chalupy u turistické cesty, tu horní přestavěli na brzy známou Klínovou boudu. Přímo u nich na zápraží se spojovaly cesty od Pláně, Svatého Petra, Výrovky, Friesových a Rennerových bud.
Během sedmdesáti let provozu boudu třikrát potkalo neštěstí. Poprvé vyhořela v roce 1912. O rok později ji Buchbergerové postavili znovu a hned prodali bratrům Bönschovým z Luční boudy. Ti v roce 1926 ustanovili správcem Johanna Brauna z Braunbergu neboli Hnědého Vrchu v Peci. Jeho rodina kromě horského hospodářství se třemi krávami a párem tažných koní nabízela hostům ubytování, a hlavně posezení ve stylovém hostinci s živou muzikou i tancem.
Po druhé světové válce, v květnu 1945, pováleční partyzáni bezdůvodně zastřelili hospodáře Brauna přímo před boudou a zraky rodiny. Potom tu pětadvacet let hospodařily státní organizace. V zimě roku 1970 bouda do základů vyhořela a dlouhých čtyřicet let zůstaly Klínové boudy bez adekvátní náhrady.
V roce 2003 byla soukromým majitelem získána sousední bouda známá jako „Tesla“ od firmy Tesla Hloubětín. V letech 2005 – 2010 byla bouda kompletně zrekonstruována do současné podoby a otevřena veřejnosti pod názvem „Nová Klínovka“.
V roce 2016 boudu koupila společnost Infinmed s.r.o., která se záměrem dát boudě opět život a obnovit letitou tradici této krásné horské boudy dala boudě jméno „Bouda Klínovka“ .